Il Dipartimento assolve le proprie funzioni di erogazione di prestazioni specialistiche in ambito bi-regionale ed afferisce gestionalmente alla Direzione Generale.

Si occupa degli ambiti relativi alla garanzia della sicurezza alimentare sia per i prodotti di origine animale, vegetale, sia per gli alimenti destinati al consumo animale. Opera a supporto delle attività di controllo sanitario ufficiale e delle aziende di produzione agroalimentare di entrambe le regioni di competenza dell’Istituto.
Il Dipartimento si occupa degli aspetti di laboratorio per quanto concerne la microbiologia alimentare, la bromatologia, la biologia molecolare applicata agli alimenti, la ricerca degli allergeni e degli organismi geneticamente modificati ed è sede del Laboratorio di Riferimento Regionale per le Salmonelle (Campania).

Assicura, inoltre, l’attività di consulenza sia alle autorità competenti nella pianificazione e nell’esecuzione dei piani di controllo ufficiale, sia alle aziende private nell’organizzazione e conduzione dei propri piani di autocontrollo.
Il Dipartimento partecipa direttamente alla sorveglianza epidemiologica delle zoonosi di origine alimentare attraverso la collaborazione con il Dipartimento di Coordinamento di Epidemiologia e Biostatistica.

Per il puntuale assolvimento delle proprie finalità, la Direzione del Dipartimento e delle UU.OO.CC. di competenza intrattengono una costante interrelazione con la Direzione del Dipartimento di Coordinamento delle Accettazioni e del Sistema Qualità ai fini del recepimento dei livelli di domanda di prestazioni per una calibrata organizzazione dei correlati livelli quantitativi e qualitativi di produzione; inoltre si interfaccia costantemente con la Direzione della U.O.C.
Osservatorio Regionale per la Sicurezza Alimentare al fine di effettuare correzioni sulla programmazione, dopo corretta analisi del rischio.

Il Dipartimento inoltre coordina le attività del Centro di riferimento regionale per la sicurezza della ristorazione pubblica e collettiva e delle produzioni agroalimentari tradizionali (CRiPAT), per le competenze dell’Istituto.
Inoltre, il Dipartimento collabora: 1) nelle attività del Centro di Riferimento Regionale del Centro di Riferimento Regionale per la Sicurezza Sanitaria del Pescato (CRiSSaP) per gli aspetti inerenti la molluschicoltura e le preparazioni alimentari derivate dai prodotti ittici; 2) nelle attività del Centro
di Riferimento Regionale per le allerte alimentari (MTA).