La Mission dell’IZSM è:  salvaguardare la tutela e la promozione della salute e del benessere della popolazione attraverso lo sviluppo di conoscenze, strumenti e strategie mirati alla sicurezza e qualità delle produzioni agroalimentari, alla prevenzione delle patologie associate  all’alimentazione e alla promozione della salute e del benessere animale, per ciò che attiene a tutte le problematiche che riguardano la sanità pubblica veterinaria, ai fini della tutela della salute umana e dell’equilibrio fra uomo, animale e ambiente.

La capacità dell’organizzazione di utilizzare al meglio le proprie risorse per il raggiungimento dei propri fini istituzionali (mission) passa attraverso la conoscenza puntuale dei contesti esterno e interno di riferimento.
L’Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Mezzogiorno, di seguito denominato Istituto, è un Ente sanitario di diritto pubblico, dotato di autonomia organizzativa, amministrativa, patrimoniale, contabile, gestionale e tecnica; svolge le funzioni attribuite in osservanza della legislazione statale, quale il D. Lgs. n. 106 del 28/06/2012, e regionale – L.R. Campania n. 8 del 13/2/2014 e L.R. Calabria n. 7 del 17/02/2014, secondo il proprio statuto ed i regolamenti interni che ne disciplinano l’attività; opera nell’ambito del Servizio Sanitario Nazionale, quale strumento tecnico-scientifico delle Regioni Campania e Calabria; assicura agli enti cogerenti ed ai servizi veterinari delle rispettive aziende sanitarie locali le prestazioni e la collaborazione tecnico-scientifica necessarie in materia di igiene, sanità pubblica veterinaria, sicurezza alimentare e nutrizione.

L’Istituto è tenuto, in via ordinaria, ad assicurare:
a) la ricerca sperimentale sulla eziologia, patogenesi e profilassi delle malattie infettive e diffusive degli animali;
b) il servizio diagnostico delle malattie degli animali e delle zoonosi;
c) gli accertamenti analitici ed il supporto tecnico-scientifico ed operativo necessari alle azioni di polizia veterinaria ed all’attuazione dei piani di profilassi, risanamento ed eradicazione;
d) la ricerca in materia di igiene degli allevamenti, delle produzioni zootecniche e di benessere animale ed il supporto tecnico scientifico ed operativo per le azioni di difesa sanitaria e di miglioramento delle produzioni animali;
e) il supporto tecnico, scientifico ed operativo nella lotta all’antibiotico resistenza;
f) la sorveglianza epidemiologica nell’ambito della sanità animale e sicurezza alimentare, anche mediante gli osservatori  epidemiologici;
g) l’esecuzione degli esami per il controllo degli alimenti di origine animale e dei mangimi;
i) la messa a punto di nuove metodiche;
j) la formazione di personale specializzato nel campo della zooprofilassi anche presso istituti e laboratori dei paesi esteri;
k) la formazione e l’aggiornamento di veterinari e di altri operatori del settore della sicurezza alimentare e della sanità animale;
I) l’effettuazione di ricerche correnti e finalizzate, anche mediante convenzioni con università ed istituti di ricerca italiani e stranieri, su richiesta dello Stato, delle regioni e di Enti pubblici e privati;
m) la cooperazione tecnico-scientifica con istituti del settore veterinario e della sicurezza alimentare anche esteri, previe opportune intese con il Ministero della Salute;
n) la elaborazione e applicazione di metodi alternativi all’impiego di modelli animali nella sperimentazione scientifica;
o) la formazione, la consulenza e l’assistenza agli allevatori per la bonifica zoosanitaria e per lo sviluppo ed il miglioramento igienico delle produzioni animali;
p) l’attività di controllo ufficiale in materia di analisi chimiche, microbiologiche e radioattive sugli alimenti di origine vegetale non trasformati;
q) il supporto tecnico scientifico, epidemiologico e di campo in corso di epidemie o in caso di insorgenza di malattie soggette ad immediata eradicazione dal territorio.

L’Istituto provvede ad ogni ulteriore compito, servizio o prestazione ad esso demandati dalle regioni, singolarmente o congiuntamente, compatibilmente con le risorse disponibili, fermo restando l’espletamento dei compiti di cui al comma 1. Le Regioni Campania e Calabria definiscono, nei rispettivi piani sanitari regionali, gli obiettivi e le linee di indirizzo per l’attività dell’Istituto, nell’ambito delle politiche agro-zootecniche, alimentari, ambientali.